Wetenschappers van het UMC Groningen hebben onderzoek gedaan naar de toepassing van de Pan Cancer Test, een test die de genetische oorzaak van verschillende typen leukemie tegelijkertijd opspoort. Door de diagnostiek rond deze test te optimaliseren, kunnen de onderzoekers een groot deel van de huidige genetische testen voor leukemie overbodig maakt.

Leukemie is een vorm van kanker waarbij het beenmerg te veel witte bloedcellen maakt. Afhankelijk van het type witte bloedcel dat is ontspoord zijn er verschillende typen leukemie, elk met kenmerkende genetische afwijkingen. Mede daardoor is het mogelijk om een prognose te geven en een eventuele behandeling in te zetten. ‘Het gaat om een erg breed scala aan afwijkingen’, zegt dr. Birgit Sikkema-Raddatz, hoofd genoomdiagnostiek bij de afdeling Genetica van het UMC Groningen. ‘Om die afwijkingen allemaal op te kunnen sporen, heb je in een laboratorium zo’n tien onderzoeken en technieken nodig, en het traject is behoorlijk arbeidsintensief, zegt Sikkema. ‘Als verantwoordelijke voor de genetische diagnostiek dacht ik: dat moet toch beter kunnen?’

Next Generation Sequencing

Die realisatie viel samen met de opkomst van Next Generation Sequencing (NGS): de mogelijkheid om het hele pakket genetische informatie van een enkele persoon in kaart te brengen. In de loop van de afgelopen jaren zijn veel bedrijven ontstaan die technieken hebben ontwikkeld om delen van die informatie uit het genoom te trekken. Dat is goedkoper en sneller, omdat daardoor minder data moet worden geanalyseerd.

Die NGS-techniek werd het uitgangspunt van de Pan Cancer Test: een genetische test voor alle typen leukemie. Sikkema en haar collega’s werken samen met het bedrijf dat deze test heeft ontwikkeld, die zo’n 1400 genen uit het genoom kan trekken waarvan op dit moment zeker is dat ze met kanker te maken hebben. Een projectsubsidie van ZonMw maakte het onderzoek van Sikkema en haar collega’s mogelijk dat de test klaar maakt voor gebruik in de kliniek. ‘Wij hebben een werkwijze opgesteld om de data te kunnen interpreteren, bijvoorbeeld door het ontwikkelen van bioinformatische tools. Dat hebben we in een workflow toegepast.’

"Ons werk kun je zien als een soort denkraam. Je kunt het ook gebruiken voor genetische diagnostiek bij andere aandoeningen."

Implementatie

Maar om de diagnostische betrouwbaarheid van de Pan Cancer Test vast te stellen is nog meer onderzoek nodig, zegt Sikkema. ‘Binnen het ZonMw-project hebben we slechts 140 patiënten getest met de standaarddiagnostiek én de nieuwe test’, zegt Sikkema. ‘Om de workflow echt te valideren, zijn er veel meer patiënten nodig. Het patiëntenmateriaal dat voorhanden is, is vaak al te weinig voor de diagnostiek. Laat staan dat er iets overblijft voor het valideren van een nieuwe test.’ Sikkema en haar collega’s valideren de Pan Cancer Test daarom in eerste instantie voor zo veel mogelijk soorten leukemie. ‘Het zou kunnen dat we hem niet vrijgeven voor alle types. De zeldzame soorten, waarvoor te weinig patiënten voorhanden zijn, worden dan vooralsnog klassiek getest en vergeleken met de nieuwe.’ Uiteindelijk hoopt Sikkema op die manier voldoende patiënten te kunnen verzamelen.

Efficiëntere, vergelijkbare zorg

Doel van de Pan Cancer Test is het bieden van vergelijkbare zorg, maar dan efficiënter, zegt Sikkema. ‘Alles wat we nu de patiënt aan diagnostiek bieden, willen we handhaven of verbeteren.’ Maar de nieuwe test kan ook leiden tot meer prognoses en betere behandelmogelijkheden. ‘We hebben gezien dat we met de nieuwe test ook afwijkingen kunnen opsporen die we met klassieke testen hadden gemist.’ Dat levert op termijn betere zorg op, die bovendien kosteneffectiever is, zegt Sikkema. ‘We hebben het niet helemaal uitgezocht, maar weten zeker dat de nieuwe test een besparing oplevert. Gemiddeld doen we per patiënt drie klassieke tests, vergeleken met één nieuwe. Dat scheelt werktijd en laboratoriummiddelen.’

Toepasbaar

Sikkema hoopt dat de Pan Cancer Test over drie jaar in de kliniek te gebruiken is. ‘Ook hier moeten we de technische ontwikkelingen in de gaten houden. Misschien komt er nog een eenvoudigere techniek om de genen uit het genoom te trekken die een rol spelen bij leukemie. Of misschien wordt sequencing zo goedkoop dat we zeggen: we vangen niet alleen die genen, maar kiezen voor het totale plaatje.’ Ook in dat geval is Sikkema’s onderzoek niet voor niets geweest, verwacht ze. ‘Bij die nieuwe technieken zijn we sowieso geholpen met het werk dat we hebben gestopt in nieuwe analysemethoden en de workflow. Dat maakt het makkelijker een oude techniek in te wisselen voor een nieuwe.’ Sikkema is bovendien overtuigd van de toepasbaarheid van haar onderzoek. ‘Ons werk kun je zien als een soort denkraam. Je kunt het ook gebruiken voor genetische diagnostiek bij andere aandoeningen.’

dr Birgit Sikkema-Raddatz

Birgit Sikkema-Raddatz werkt in de sectie Ontwikkeling en Innovatie van de afdeling Genetica, die zich richt op het vertalen van nieuwe kennis en technologie naar de klinische genetische praktijk. Samen met haar onderzoeksteam ontwikkelt Birgit methoden om varianten te ontrafelen die worden gedetecteerd door Next Generation Sequencing-data.

Haar belangrijkste doel is om de beschikbare kennis te vergroten om te helpen interpreteren of deze varianten schadelijk of goedaardig zijn. Als klinisch laboratoriumspecialist gebruikt ze nieuwe en nieuw ontwikkelde methoden om genetische diagnoses te verbeteren bij patiënten die naar de afdeling worden verwezen.

Samen met haar team heeft ze aangetoond dat gerichte re-sequencing de Sanger-sequencing kan vervangen. Ze werkt ook aan niet-invasieve prenatale tests met behulp van sequencing van de volgende generatie.

Tekst Koen Scheerders

© ZonMw 2020

Naar boven
Direct naar: InhoudDirect naar: Onderkant website